วิทยาลัยนวัตกรรมถือกำเนิดขึ้นในปี 2538 จากวิสัยทัศน์อันกว้างไกลของสภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ที่ต้องการจะริเริ่ม “สิ่งใหม่” ให้กับวงการศึกษาของไทย และเป็นรูปแบบใหม่ของหน่วยงานในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ที่ได้ปรับเปลี่ยนจากที่จัดตั้งเป็นคณะและภาควิชามาสู่วิทยาลัย (College) และในปีที่ 12 สภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์มีมติให้มีการแก้ไขชื่อ “วิทยาลัยนวัตกรรมอุดมศึกษา” เป็น “วิทยาลัยนวัตกรรม” และเปลี่ยนชื่อตำแหน่งผู้รับผิดชอบการบริหารงานวิทยาลัย จาก “ผู้อำนวยการ” เป็น “คณบดี” เมื่อวันที่ 7 มีนาคม 2551

วิทยาลัยนวัตกรรม เกิดขึ้นจากวิสัยทัศน์ของผู้บริหารมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ที่ได้หยิบยกประเด็นหลัก ๆ 4 ประการ คือ

(1) จะต้องเป็นการศึกษาที่ผสมผสานศาสตร์ทางด้านต่าง ๆ เข้าด้วยกัน
(2) จะต้องเป็นการศึกษาที่สร้างความเชื่อมโยงระหว่างการเรียนการสอน การวิจัย และการบริการสังคม
(3) จะต้องส่งเสริมให้มีการสรรค์สร้างนวัตกรรม ตลอดจนสามารถนำทรัพย์สินทางปัญญาออกมาใช้ประโยชน์ได้
(4) จะต้องมีการบริหารจัดการที่เป็นอิสระจากระบบราชการ สามารถร่วมงานกับภาคเอกชนได้อย่างใกล้ชิด