วิทยาลัยนวัตกรรมถือกำเนิดขึ้นในปี 2538 จากวิสัยทัศน์อันกว้างไกลของสภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ที่ต้องการจะริเริ่ม “สิ่งใหม่” ให้กับวงการศึกษาของไทย และเป็นรูปแบบใหม่ของหน่วยงานในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ที่ได้ปรับเปลี่ยนจากที่จัดตั้งเป็นคณะและภาควิชามาสู่วิทยาลัย (College) และในปีที่ 12 สภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์มีมติให้มีการแก้ไขชื่อ “วิทยาลัยนวัตกรรมอุดมศึกษา” เป็น “วิทยาลัยนวัตกรรม” และเปลี่ยนชื่อตำแหน่งผู้รับผิดชอบการบริหารงานวิทยาลัย จาก “ผู้อำนวยการ” เป็น “คณบดี” เมื่อวันที่ 7 มีนาคม 2551